Mittlerweile erfasst das Tool, das seit 2021 online verfügbar ist, mehr als 15 Millionen Virussequenzen, und Wissenschaftler ergänzen diese täglich. Es hilft ihnen und Beamten des öffentlichen Gesundheitswesens, neue Stämme zu entdecken, ihnen Namen zuzuweisen und ihre Entwicklung zu verfolgen. Es ermöglicht ihnen außerdem, das Virus in Echtzeit und auf globaler Ebene mit einem hohen Maß an Präzision zu überwachen.
In jüngerer Zeit entwickelte das Team ein weiteres Softwaretool namens RIPPLES, das die umfangreiche Stammbaumstruktur von UShER untersucht und untersucht, ob bestimmte „Zweige“ von Varianten rekombinant sein können – genetisch unterschiedliche Hybridvarianten. Ein Rekombinant könnte beispielsweise einen Teil seines Genoms von der Delta-Variante und einen anderen Teil von Omicron übernehmen. Da sie im Wesentlichen zwei „Eltern“ haben, sind Rekombinanten seltener und schwieriger zu identifizieren.
Vor der Entwicklung von RIPPLES bestand die einzige Methode der Wissenschaftler zur Identifizierung potenzieller Rekombinanten darin, sich an Mutationen zu erinnern, die sie in anderen Varianten entdeckt hatten. RIPPLES automatisiert diesen Prozess und ermöglicht es Gesundheitsexperten, die Evolutionsgeschichte des Virus zu rekonstruieren. Es hilft ihnen auch herauszufinden, ob es sich bei einer bisher unbekannten Sequenz um eine wirklich unabhängige Mutation oder eine Kombination bestehender Varianten handelt.