Yehuda Ben-Yishay wurde am 11. Februar 1933 in Cluj, einer Stadt in der Region Siebenbürgen im Westen Rumäniens, geboren. Sein Vater, Chaim Ben-Yishay, war Geschäftsmann; seine Mutter Leah (Finkelstein) Ben-Yishay war eine Näherin.
Seine Familie erlebte den Zweiten Weltkrieg weitgehend unversehrt. Obwohl Hunderttausende rumänischer Mitjuden während des Holocaust starben, überlebten Hunderttausende, insbesondere im südlichen Teil von Siebenbürgen, wo die Familie kurz vor dem Krieg umgezogen war.
Die Ben-Yishays waren eifrige Zionisten, und 1946 bestiegen sie mit etwa 2.000 anderen Juden ein umgebautes Viehschiff, das nach Palästina fuhr. Die britischen Behörden hatten eine solche Massenmigration verboten, und als Yehuda ankam, wurden er und seine beiden Brüder und Schwestern von ihren Eltern getrennt, als sie in Flüchtlingslager gebracht wurden.
Nach der Unabhängigkeit Israels im Jahr 1948 diente Dr. Ben-Yishay im Nahal, einem Teil der israelischen Verteidigungsstreitkräfte, die landwirtschaftliche Siedlungen errichteten. Später besuchte er die Hebräische Universität in Jerusalem in der Hoffnung, Psychologie zu studieren, aber es gab niemanden, der sie unterrichtete: Arabische Guerillas hatten 1948 den Abteilungsleiter und mehrere Kollegen ermordet.
Dr. Ben-Yishay studierte stattdessen Soziologie und machte 1957 seinen Abschluss. Er erhielt ein Stipendium an der New School für Sozialforschung in Manhattan und kam Ende des Jahres an.
Um seine Lebenshaltungskosten zu decken, unterrichtete er Hebräisch und arbeitete mit Rentnern zusammen, unter anderem in einem Sommercamp in Brewster, NY. Dort lernte er Myrna Pitterman kennen. Sie heirateten 1960 und hatten drei Söhne, Ari, Ron und Seth. Alle überleben ihn zusammen mit seinen Brüdern Israel und Meir; seine Schwester Pnina; und acht Enkelkinder.
An der New School wurde Dr. Ben-Yishay von einem deutschen Emigrantenpsychologen namens Kurt Goldstein geleitet. Dr. Goldstein bestand darauf, dass sich Patienten mit traumatischen Verletzungen nur in einer „ganzheitlichen“ Umgebung erholen könnten, die nicht nur ihr körperliches Wohlbefinden, sondern auch ihre emotionale und spirituelle Gesundheit berücksichtigen würde.