In diesem Jahr ordinierte er Robert Williams, einen offen schwulen Mann, zum Priester. (Ellen Barrett, eine Lesbe, war etwa ein Jahrzehnt zuvor zum Priester geweiht worden.) Bischof Spong verstand die Kontroverse, die er auslöste – tatsächlich lud er jeden Bischof des Landes ein, daran teilzunehmen.
Neun Monate später wurde er von seinen Kollegen getadelt, aber er ordinierte weiterhin schwule und lesbische Priester – mindestens 35 bis zu seiner Pensionierung im Jahr 2000, darunter Bischof Perry. Die Kirche folgte schließlich seinem Beispiel: 1996 entschied ein bischöfliches Gericht, dass Homosexualität nicht gegen ihre Prinzipien verstoße, und 2015 erkannte die Kirche die gleichgeschlechtliche Ehe an.
Wenn Bischof Spong mit seiner Position zu Frauen und LGBTQ-Klerikern an den Rand des Mainstreams geriet, grenzten ihn seine theologischen Ansichten weit davon ab. Er lehrte, dass die Evangelien als künstlerische Interpretationen des Lebens Jesu betrachtet werden sollten und nicht als wörtliche Berichte darüber, und er forderte die Christen auf, Ideen wie die Erbsünde abzulehnen, die nicht durch die Wissenschaft erklärt werden könnten.
Diese Ansichten, noch mehr als sein sozialer Aktivismus, zogen Millionen von Anhängern sowie unzählige Kritiker an. 1988 schrieb William Murchison in der National Review, dass Bischof Spong „den neuesten in einer langen Reihe von rechten Reverend-Dummköpfen“ war und ihn dafür tadelte, dass er die Kirche aufforderte, sich der modernen Gesellschaft zuzuwenden und nicht umgekehrt.
Traditionalisten mochten vor allem seinen kompromisslosen Ansatz, der es ihrer Meinung nach schwierig machte, einen Dialog zu führen.
„Er hat immer die Grenze überschritten, was die Koexistenz anderer Standpunkte praktisch erschwerte“, sagte Paul FM Zahl, ein pensionierter Bischofspriester, in einem Interview. „Man hatte das Gefühl, man solle erwachsen werden, er predigte eine erwachsene Version des Christentums.“
Bischof Spongs aggressiver Liberalismus brachte ihn häufig in Schwierigkeiten. Nachdem ein prominenter nigerianischer Bischof 1998 auf einer anglikanischen Konferenz versucht hatte, die „homosexuellen Dämonen“ von einem schwulen Priester zu exorzieren, verurteilte Bischof Spong die afrikanischen Anglikaner als rückständig.