Herr Donato begann in den frühen 1950er Jahren, seine eigenen Gruppen zu leiten und arbeitete gleichzeitig als Sideman. Er spielte Akkordeon auf Luiz Bonfás erstem Album, das 1955 veröffentlicht wurde, als Teil einer Studioband, zu der auch Antonio Carlos Jobim gehörte. Herr Jobim produzierte Herrn Donatos Debütalbum „Chá Dançante“ (1956) und Herr Donato schrieb mit João Gilberto Lieder, darunter „Minha Saudade“, das zum brasilianischen Standard wurde.
Doch Ende der 1950er Jahre war Donatos bevorzugter Stil so komplex geworden, dass sich das Publikum beschwerte, dass es nicht dazu tanzen könne, und er hatte Schwierigkeiten, in Brasilien Arbeit zu finden. Er nahm einen Job als Unterstützer von Carmen Miranda in einem Resort in Lake Tahoe an und zog in die Vereinigten Staaten.
Zu Beginn der 1960er Jahre wurde er von Latin- und Jazzmusikern willkommen geheißen. Er nahm mit Cal Tjader, Astrud Gilberto, Tito Puente, Mongo Santamaría und Eddie Palmieri auf. (Er spielte Posaune in Mr. Palmieris La Perfecta, einer Blechbläser-Salsa-Band, die Mr. Palmieri „Trombanga“ nannte.)
Der Vibraphonist Dave Pike nahm 1962 mit „Bossa Nova Carnival“ ein ganzes Album mit Mr. Donatos Kompositionen auf, und der Saxophonist Bud Shank beauftragte Mr. Donato mit der Leitung seines 1965 erschienenen Albums „Bud Shank & His Brazilian Friends“. „Das ist João Donatos Baby“, schrieb Herr Shank in den Liner Notes. „Ich habe ihm alle Probleme übergeben und entspanne mich einfach und spiele.“
Auf seinen eigenen Alben für US-Labels griff Herr Donato auf Jazz- und karibische Einflüsse sowie brasilianische Einflüsse zurück. Sein entscheidendes Album „A Bad Donato“ aus dem Jahr 1970 war eine radikale Hinwendung zum Funk, indem es Melodien und Rhythmen mit brasilianischen Wurzeln mit elektrischen Keyboards und Wah-Wah-Gitarren verband. Der Keyboarder und Arrangeur Eumir Deodato, der mit Mr. Donato an diesem Album arbeitete, landete mit seiner Version von „Also Sprach Zarathustra (2001)“ einen weltweiten brasilianischen Funk-Hit.
Herr Donato kehrte 1973 nach Brasilien zurück. Dort überredete ihn ein Freund, Lieder mit Texten statt nur Instrumentalstücken aufzunehmen, einschließlich seines eigenen bescheidenen, aber ernsthaften Gesangs. Sein melodisches, lockeres Album „Quem É Quem“ aus dem Jahr 1973 war kein sofortiger Hit, wurde aber im Laufe der Jahre weithin gelobt; 2007 zählte der brasilianische Rolling Stone es zu den 100 besten brasilianischen Alben.