Während des Zweiten Weltkriegs hörte Schwester Rice Gerüchte über eine andere Seite ihrer Gemeinschaft: die Professoren aus Kolumbien, die an einem streng geheimen Regierungsprojekt arbeiteten. Seine Natur wurde am 6. August 1945 enthüllt, als die Amerikaner eine Atombombe auf Hiroshima, Japan, abwarfen und drei Tage später eine weitere auf Nagasaki.
Sie erinnerte sich daran, wie ihre Mutter Gott für den Angriff gedankt hatte; es bedeutete, dass ihr Onkel, der an der Invasion Japans teilnehmen sollte, jetzt verschont blieb. Er ging trotzdem, in der ersten Welle von Soldaten, die Hiroshima nach der Kapitulation Japans erreichten, und erzählte ihr von den Schrecken, die er erlebt hatte.
Megan trat 1947 der Gesellschaft vom Heiligen Kinde Jesus bei und legte 1955 ihre letzten Gelübde ab. Sie studierte Biologie an der Villanova University und erhielt einen Master in Zellbiologie vom Boston College. Anschließend zog sie nach Afrika, wo sie an Grund- und weiterführenden Schulen in Nigeria und Ghana unterrichtete.
Sie hinterlässt keine unmittelbaren Überlebenden.
Ab den 1980er Jahren unternahm sie häufig Reisen in die Vereinigten Staaten, oft um an Antikriegsaktionen teilzunehmen.
2003 verließ Schwester Rice Afrika endgültig. Zwei Jahre später zog sie nach Nevada, wo sie sich einer Antikriegsorganisation namens Nevada Desert Experience anschloss. Sie wurde 2009 während eines Protests gegen einen Raketentest auf der Vandenberg Air Force Base (heute Vandenberg Space Force Base) in Kalifornien und 2011 wegen Hausfriedensbruchs auf der Creech Air Force Base in Nevada, der Heimat des Drohnenkriegsprogramms des Landes, festgenommen.
Sie reiste 2011 nach Tacoma, Washington, um den Prozess gegen mehrere Antikriegsaktivisten zu beobachten, darunter Schwester Anne Montgomery, eine 84-jährige Nonne, wegen Hausfriedensbruchs auf einem Atom-U-Boot-Stützpunkt. Der Prozess inspirierte Schwester Rice, selbst eine ähnliche Aktion zu planen.
Der Protest bei Y-12 ein Jahr später machte Schwester Rice zu einer internationalen Berühmtheit.