Er sprach und schrieb von afrikanischen Zivilisationen als unendlich unterschiedlichen ethischen, philosophischen und ästhetischen Systemen. Um ihre Komplexität und Raffinesse zu erfassen, bedürfe es eines „Guerilla-Stipendiums“, das Kunstgeschichte, Anthropologie, Tanzgeschichte, Religionswissenschaft, Soziologie und Ethnomusikologie kombiniert. Diese hybride Praxis führte ihn immer wieder aus dem akademischen Elfenbeinturm ins ländliche Afrika, in die Favelas von Rio de Janeiro und in Hip-Hop-Clubs in der Bronx. In all diesen Umgebungen war er gleichermaßen und frohlockend zu Hause.
Er wurde am 30. Dezember 1932 in El Paso geboren. Sein Vater, Dr. Robert Farris Thompson, war Chirurg; seine Mutter Virginia (Hood) Thompson war eine lokale Kunstmäzenin. Professor Thompson erinnerte sich später daran, dass er auf einer Familienreise nach Mexiko-Stadt im Jahr 1950, während seines letzten Highschool-Jahres, zum ersten Mal Mambo-Musik hörte und dass diese Erfahrung sofort seine Leidenschaft für die afrikanische Kultur entzündete und ihn insbesondere darauf aufmerksam machte in Form von populärer Musik war diese Kultur überall um ihn herum.
„Mambo“, sagte er 1992 in einem Interview mit dem Kunsthistoriker Donald J. Cosentino, das in der Zeitschrift African Arts erschien, „wurde zu meiner herrschenden Obsession.“
Nach seinem Abschluss an der Phillips Academy Andover in Massachusetts ging er in Yale, wo er verschiedene geisteswissenschaftliche Kurse belegte und Schlagzeug übte, mit dem Gedanken, eine Jazzkarriere einzuschlagen. Während eines zweijährigen Aufenthaltes in der Armee gewann er als Schlagzeuger in einer Talentshow der Armee Anerkennung; 1959 veröffentlichte er ein Percussion-Album im afro-kubanischen Stil, „Safari of One“.
Er nahm ein Studium an der juristischen Fakultät, brach das Studium jedoch nach einem Jahr ab und ging zurück nach Yale, um ein Studium der Kunstgeschichte zu absolvieren. Dort studierte er bei George Kubler, einem Historiker für präkolumbische mexikanische und aztekische Kunst, der sich seinem Thema mit der Art von unbestrittenem Respekt näherte, der der europäischen Kunst seinerzeit in der akademischen Welt üblich war.