Bei seinem Prozess machte Manson die Gesellschaft für sein Handeln verantwortlich und sagte: „Diese Kinder, die mit Messern auf Sie zukommen, sind Ihre Kinder. Sie haben es ihnen beigebracht. Ich habe es ihnen nicht beigebracht. Ich habe nur versucht, ihnen zu helfen, aufzustehen. Die meisten Leute auf der Ranch, die du die Familie nennst, waren einfach Leute, die du nicht wolltest.”
Er wurde am 22. April 1971 ins Gefängnis eingeliefert und wegen Mordes ersten Grades in sieben Fällen verurteilt. Später in diesem Jahr wurden zwei weitere hinzugefügt, für den Tod von Gary Hinman und Donald Shea, die ebenfalls im vergangenen Sommer getötet wurden.
Manson blieb bis zu seinem Tod im Alter von 83 Jahren im Jahr 2017 inhaftiert, nachdem er im Kampf gegen Darmkrebs einen Herzstillstand aufgrund von Atemversagen erlitten hatte.
Watson ist im Alter von 76 Jahren immer noch im Gefängnis und seine Bewährung wurde 18 Mal verweigert. Zuletzt war dies im Oktober 2021, die nächste Gelegenheit ist 2026. Er behauptet, 1975 zum Christentum konvertiert und 1981 ordinierter Geistlicher geworden zu sein.