City war auf der Suche nach zwei aufeinanderfolgenden Ligasiegen, nachdem es am vergangenen Wochenende mit einem 1:0-Erfolg über Luton Town eine sieglose Serie von vier Spielen beendet hatte.
Und der Meister dominierte die erste Halbzeit gegen Palace, das in den letzten Saisons im Etihad Erfolge feierte.
Jack Grealish erzielte zum ersten Mal in seiner Karriere im dritten Premier-League-Spiel in Folge ein Tor und verschaffte City nach 24 Minuten die verdiente Führung.
Doch Guardiolas Abwehr wurde weniger als fünf Minuten vor dem Halbzeitpfiff auseinandergerissen, als Jean-Philippe Mateta einen Weg in den Rückstand fand.
Ederson stürmte aus seinem Strafraum, um den 26-Jährigen zu überholen, rutschte hinein, verfehlte aber den Ball und brachte ihn raus.
Der Brasilianer hatte das Glück, dass ein Verteidiger sein Tor deckte, was bedeutete, dass Schiedsrichter Paul Tierney ihm eine gelbe statt einer roten Karte zeigte.
Der frühere Celtic-Trainer Neil Lennon, der für BBC Radio 5 Liverpool als Kommentator fungiert, stimmte Tierneys Entscheidung zu, Ederson zu verpflichten.
„Der Ball war weggelaufen, aber es ist das erste Mal, dass sie die Verteidigungslinie durchbrochen haben“, sagte Lennon.
„Der Kontakt geht weit vom Tor weg. Es war wahrscheinlich die richtige Entscheidung, aber Ederson muss gelangweilt gewesen sein und beschlossen haben: ‚Ich werde mich hier engagieren‘.“
Julian Alvarez dachte, er hätte die Führung von City mit einem Freistoß zu Beginn der zweiten Halbzeit verdoppelt, bevor er wegen einer Abseitsstellung abgelehnt wurde.
Doch kurz darauf fügte Rico Lewis einen zweiten Treffer hinzu, der Palace kurzzeitig das Spiel nahm und City scheinbar dabei half, sich in einer vertrauten Bananenschale zurechtzufinden.
Mateta verursachte jedoch in der Schlussphase weitere Probleme, indem er Palace wieder ins Spiel brachte, indem er den Ball von Jeffrey Schlupp über das Tor von Ederson schoss.
Und Palace musste im Osten von Manchester erneut lachen, nachdem Michael Olise in der 95. Minute einen Elfmeter verwandelte und damit einen Punkt stahl.
Die Cityzens liegen weiterhin auf dem vierten Platz hinter Arsenal und Aston Villa und werden sechs Punkte hinter Spitzenreiter Liverpool liegen, wenn sie morgen Manchester United in Anfield schlagen.
Nächste Woche nimmt City zum ersten Mal an der FIFA Klub-Weltmeisterschaft teil und trifft am Dienstag im Halbfinale auf die Urawa Red Diamonds.