Die schnelle Ernennung zu einem Spitzenposten im öffentlichen Dienst entsprach angeblich nicht den EU-Vorschriften, was das Europäische Parlament dazu veranlasste, seinen Rücktritt zu fordern.
Im Jahr 2019 gelang es Selmayr, der Exkommunikation zu entgehen, indem er von seinem Amt zurücktrat, als sich Kommissionspräsidentin Ursula von der Leyen ihre Nominierung sicherte – ein Schritt, der als Reaktion auf die Kritik an der hohen Zahl deutscher Beamter in Spitzenpositionen erfolgte.
Als Kompromiss wurde er zum EU-Botschafter in Österreich ernannt und nach Wien geschickt, wo er die nationale Regierung provozierte, indem er Österreichs Abhängigkeit von russischen Gaslieferungen als „Blutgeld“ bezeichnete.
Selmayr fungiert derzeit als hochrangiger Berater in der Kommission. Seit Februar ist er außerdem Gastprofessor für Europarecht am Institut für Innovation und Digitalisierung im Recht der Universität Wien.