2016 kehrte er als Cheftrainer von Kapstadt nach Südafrika zurück. Während er das Team leitete, schloss er seine Pro-Lizenz ab und führte sie 2018 zum MTN 8 Cup, bevor er im folgenden Jahr entlassen wurde.
McCarthy übernahm dann AmaZulu in Südafrika und führte sie zum ersten Mal in der CAF Champions League, bevor er sich 2022 vom Verein trennte. Einige Monate später wechselte er zu Ten Hags Stab bei United und verhalf Rashford zu einer Torbilanz von 30 in allen Wettbewerben während ihres ersten gemeinsamen Jahres.
Seitdem hat er eng mit Hojlund zusammengearbeitet, da Anthony Martial den größten Teil des Jahres als einziger bekannter Mittelstürmer des Vereins verletzt war, hat aber eine Führungsrolle im Blick, was darauf hindeutet, dass McCarthys Zeit bei United eher zu Ende gehen könnte als später.